Kubo sahilde küçük bir köyde sakin bir hayat sürmektedir. Ta ki intikam ateşiyle yanıp tutuşan geçmişten gelmiş bir ruh tarafından yüzyıllık bir kan davası yine yanana kadar...

Bu olay akla gelebilecek her çeşit felakete neden olurken; Tanrılar ve canavarların peşine düştüğü Kubo, hayatta kalabilmek ve intikamcı ruhu yenebilmek için efsanevî bir Samuray olan merhum babası tarafından önceden bir sefer giyilen büyülü zırhı bulmak zorundadır.