Snake Eyes, kılıç ve bıçak gibi silahların kullanımında ölümcül yetenekleri olan bir ninja savaşçıyı konu ediniyor. Bir dövüş ustası olduğu için silahsızken de son derece tehlikeli olan Snake Eyes, G.I. Joe ekibine katılması için işe alınır. Bu ekibe alınana kadar hep tek başına çalışan karakterin geçmişi çok iyi bilinmiyor. Ancak bir helikopter kazasında yaşananların ardından konuşma yeteneğini kaybettiği biliniyor. Yüzünü saklamak için çeşitli maskeler ve kostümler kullanıyor.