Müttefik, 1942 yılında Kuzey Afrika'da düşman hattında savaşan Fransız direniş savaşçısı Marianne Beausejour (Cotillard) ile karşılaşan istihbarat subayı Max Vatan'ın (Pitt) hikâyesini konu alıyor. Max (Brad Pitt) ve Marianne (Marion Cotillard), Casablanca'da gerçekleştirdikleri ölümcül bir görev sonrası evlenen iki ajandır. Max'in, eşinin bir Nazi ajanı olabileceğinden şüphelenip Marianne'i araştırmaya başlamasıyla evliliklerinin gidişatı da değişecektir.