Ghost in The Shell filminde, Binbaşı Mia (Scarlett Johansson) şirketin ona anlattığı kadarıyla bir terörist saldırı geçirmiş ve hayatını kaybetmiştir. Fakat beyni halen aktif olan Mia'nın beyni Hanka Robotik labaratuarında geliştirilen bir vucuda aktarılır. Beden tamamen robotiktir ve sadece Mia'nın beyniyle yönetilmektedir. Mia'yı terörle mücadele bölümüne aktarırlar, fakat şirketin beklemediği Kuze adındaki bir hacker Mia'nın peşine düşecektir. Mia ise gerçeklerin peşindedir...