Cin Deresi "Müsfer", tehlikeli cin kabilelerinden olan Müsfer cinlerinin bulunduğu yere gitmek zorunda kalan bir grup insanın hikayesini konu ediyor. Uluslararası büyük bir şirket, bir yarışma organize eder. Yarışma gereği gruplardan, tespit edilmemiş arkeolojik kalıntılar bularak bunlarla ilgili bir sunum hazırlanması gerekmektedir. Grup üyelerinden olan Arda, ekibi ile birlikte arkeolojik araştırma yapmak için çocukluğunun geçtiği ancak daha sonra ayrılmak zorunda kaldığı Bağırganlı Köyü’ne gider. 600 yıllık tarihi olan bu köye gelen ekip, Çakal Tepesi’ndeki dar geçitlerden geçerek Osmanı zamanından kalma kaya limanına gitmeye çalışır. Daha çalışmalara başlamadan önce Arda, bulundukları yer ile ilgili ekibine birkaç uyarıda bulunur. Ancak ekip üyelerinden Murat'ın hiç yapılmaması gereken bir hatayı yapması hepsinin hayatını tehlikeye atar. Murat'ın yaptığı hatanın bedelini ödemek zorunda kalan Arda, Defne ve Sude, Cin Deresi’ni geçmek zorundadır ve burası en tehlikeli cin kabilelerinden olan Müsfer cinlerinin yuvasıdır.