Ölüme mahkum edilmiş bir suçlu olan Callum Lynch (Michael Fassbender), Abstergo Industries isminde çok zengin bir şirket tarafından ele geçirilir. Şirketin büyük yatırım yaptığı Animus Projesi, kişilerin atalarından kalan ve genlerine işlenmiş anı ve becerilerini ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır.

Callum Lynch, 15. asır İspanyalı Engizisyonu döneminde Suikastçiler isimiyle bilinen bir örgütlenmenin azası olan Aguilar de Nerha'nın akrabası olduğunu öğrenir ve onun hatıralarıyla yine yüzleştirilir. Bu esnada atasının olağandışı becerileriyle donanan Lynch, Suikastçiler'in o dönemki en büyük düşmanı olan Tapınakçılar'ın günümüzdeki temsilcileriyle mücadele etmeye hazır hale gelecektir.