17 yaşında eğitimli bir suikastçı olan Codename 13, Japonya'daki özensiz bir görev nedeniyle uzaklaştırma altındadır. Kız, annesini bir suç örgütüne kaptıran 11 yaşındaki Monji ile tanıştığında vicdan sahibi olur. Monji yakalandığında 13, çocuğu kurtarmak için akıl hocasına ve onu işe alan örgüt Gölge'ye karşı çıkmak da dahil olmak üzere her şeyi yapmaya hazırdır.